幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤...

影片围绕一段将过去与现在交织在一起的传说展开，聚焦于日本最负盛名的自杀地——青木原森林。一天，响和妹妹在屋子的下方发现了一个被上了诅咒的盒子，据说它会夺走一切触碰盒子的人的生命。为了找出母亲自杀的原因以及有关盒子的真相，二人共同前往那个传说中的树海。...